在生物體內有一類酶，它們能將外來的DNA切斷，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳信息。由于這種切割作用是在DNA分子內部進行的，故名
默克限制性內切酶。
默克限制性內切酶類型：
根據限制酶的結構，輔因子的需求切位與作用方式，可將限制酶分為三種類型，分別是一型（TypeI）、第二型（TypeⅡ）及第三型（TypeⅢ）。
一型限制酶
同時具有修飾（modification）及識別切割（restriction）的作用；另有識別（recognize）DNA上特定堿基序列的能力，通常其切割位（cleavagesite）距離識別位（recognitionsite）可達數千個堿基之遠。例如：EcoB、EcoK。
第二型限制酶
只具有識別切割的作用，修飾作用由其他酶進行。所識別的位置多為短的回文序列（palindromesequence）；所剪切的堿基序列通常即為所識別的序列。是遺傳工程上，實用性較高的限制酶種類。例如：EcoRI、HindⅢ。
第三型限制酶
與一型默克限制性內切酶類似，同時具有修飾及識別切割的作用。可識別短的不對稱序列，切割位與識別序列約距24—26個堿基對。例如：HinfⅢ。
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